#A4#
##
#Bio::PopGen#
#Bio::PopGen::Population#
##
##
#self#
##
##
##
#new#
##
##
##
#name#
##
##
##
#description#
##
##
##
#source#
##
##
##
#set_Allele_Frequency#
##
##
##
#add_Individual#
##
##
##
#remove_Individuals#
##
##
##
#get_Individuals#
##
##
##
#get_Genotypes#
##
##
##
#get_marker_names#
##
##
##
#get_Marker#
##
##
##
#get_number_individuals#
##
##
##
#set_number_individuals#
##
##
##
#get_Frequency_Homozygotes#
##
##
##
#get_Frequency_Heterozygotes#
##
##
##
#Bio::PopGen::Statistics#
##
##
#fu_and_li_D#
##
##
##
#fu_and_li_D_star#
##
##
##
#fu_and_li_F#
##
##
##
#fu_and_li_F_star#
##
##
##
#tajima_D#
##
##
##
#pi#
##
##
##
#theta#
##
##
##
#singleton_count#
##
##
##
#segregating_sites_count#
##
##
##
#heterozygosity#
##
##
##
#derived_mutations#
##
##
##
#composite_LD#
##
##
##
#Bio::PopGen::Marker#
##
##
#self#
##
##
##
#new#
##
##
##
#name#
##
##
##
#description#
##
##
##
#type#
##
##
##
#unique_id#
##
##
##
#get_Alleles#
##
##
##
#get_Allele_Frequencies#
##
##
##
#add_Allele_Frequency#
##
##
##
#reset_alleles#
##
##
##
#Bio::PopGen::Individual#
##
##
#self#
##
##
##
#new#
##
##
##
#unique_id#
##
##
##
#num_of_results#
##
##
##
#add_Genotype#
##
##
##
#reset_Genotypes#
##
##
##
#remove_Genotype#
##
##
##
#get_Genotypes#
##
##
##
#has_Marker#
##
##
##
#get_marker_names#
##
##
##
#Bio::PopGen::PopStats#
##
##
#self#
##
##
##
#new#
##
##
##
#haploid_status#
##
##
##
#Fst#
##
##
##
#Bio::PopGen::GenotypeI#
##
##
#marker_name#
##
##
##
#individual_id#
##
##
##
#get_Alleles#
##
##
##
#Bio::PopGen::MarkerI#
##
##
#name#
##
##
##
#description#
##
##
##
#type#
##
##
##
#unique_id#
##
##
##
#annotation#
##
##
##
#get_Alleles#
##
##
##
#get_Allele_Frequencies#
##
##
##
#Bio::PopGen::IO#
##
##
#self#
##
##
##
#new#
##
##
##
#_initialize#
##
##
##
#next_individual#
##
##
##
#next_population#
##
##
##
#write_individual#
##
##
##
#write_population#
##
##
##
#newFh#
##
##
##
#fh#
##
##
##
#_load_format_module#
##
##
##
#_guess_format#
##
##
##
#close#
##
##
##
#DESTROY#
##
##
##
#TIEHANDLE#
##
##
##
#READLINE#
##
##
##
#PRINT#
##
##
##
#Bio::PopGen::PopulationI#
##
##
#name#
##
##
##
#description#
##
##
##
#source#
##
##
##
#get_Individuals#
##
##
##
#get_Genotypes#
##
##
##
#get_Marker#
##
##
##
#get_marker_names#
##
##
##
#get_Markers#
##
##
##
#get_number_individuals#
##
##
##
#Bio::PopGen::IndividualI#
##
##
#unique_id#
##
##
##
#num_genotypes#
##
##
##
#num_of_results#
##
##
##
#get_Genotypes#
##
##
##
#has_Marker#
##
##
##
#get_marker_names#
##
##
##
#Bio::PopGen::Genotype#
##
##
#self#
##
##
##
#new#
##
##
##
#marker_name#
##
##
##
#individual_id#
##
##
##
#get_Alleles#
##
##
##
#add_Allele#
##
##
##
#reset_Alleles#
##
##
##
#Bio::AnnotatableI#
##
##
#Bio::Root::IO#
##
##
##
##
##
##
##
##
##
##
##
#Bio::PopGen#
##
##
##
##
##
##
##
##